Chaque année, l'Harmonie Nautique présente deux concerts au Victoria-Hall, l'un à la fin de l'automne et l'autre au printemps. En outre, elle offre à la population genevoise des concerts d'été qui ont lieu dans la Cour de l'Hôtel de Ville ou dans les kiosques à musique.
En 1991, l'Harmonie Nautique s'est présentée au concours fédéral de musique de Lugano dans la division Excellence. Les contacts liés lors de cette rencontre ont permis d'organiser en 1993 deux concerts communs avec la Stadtmusik Zürich, l'un à la Tonhalle et l'autre au Victoria Hall.
Une tournée en Allemagne a eu lieu en mars 1999. Évoluant dans un circuit de salles de concert professionnel et un public exigeant, l'orchestre a rencontré un vif succès.
En mars 2005, l'Harmonie Nautique s'est déplacée à Prague où elle a eu le privilège de se produire dans l'église St-Nicholas dans le cadre du marathon musical de Prague.
En 2008, l'Harmonie Nautique a fêté son 125ème anniversaire.